Theo quyết định vừa được UBND tỉnh Hà Tĩnh ban hành, các đơn vị được tổ chức lại bao gồm: Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh; Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS; Trung tâm Phòng, chống sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng; Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe; Trung tâm Da liễu.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Hà Tĩnh có 4 phòng chức năng (Tổ chức - Hành chính, Kế hoạch - Nghiệp vụ, Tài chính - Kế toán, Truyền thông - giáo dục sức khỏe) và 11 khoa/phòng chuyên môn (Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm; Khoa Phòng, chống HIV/AIDS; Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm; Khoa Dinh dưỡng; Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học - Bệnh nghề nghiệp; Khoa Sức khỏe sinh sản; Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng; Khoa Kiểm dịch y tế quốc tế; Khoa Dược - Vật tư y tế; Khoa Cận lâm sàng; Phòng khám đa khoa (thực hiện khi có đủ điều kiện theo quy định của pháp luật về khám bệnh, chữa bệnh).
Theo quyết định của UBND tỉnh Hà Tĩnh, trong thời gian thực hiện bàn giao, tiếp nhận, các đơn vị thuộc diện tổ chức lại tiếp tục hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và cơ chế tài chính đã được giao.
Trong giai đoạn tổ chức lại, Trung tâm có thể có nhiều hơn 3 Phó Giám đốc, tuy nhiên, phải đảm bảo thực hiện đúng quy định tại Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ 6 Ban Chấp hành Trung ương Đảng Khóa XII (khi có cấp phó nghỉ hưu hoặc điều chuyển công tác thì không được bổ sung; đồng thời phải có giải pháp điều chuyển, sắp xếp lại số lượng cấp phó trong thời hạn tối đa 3 năm kể từ ngày tổ chức lại; trường hợp điều chuyển giữ chức vụ thấp hơn thì được bảo lưu phụ cấp chức vụ đến hết thời hạn bổ nhiệm).
Về số người làm việc của Trung tâm, trước mắt, để đảm bảo ổn định tổ chức, UBND tỉnh tạm giao biên chế cho Trung tâm bằng tổng số biên chế của các Trung tâm tổ chức lại, theo Nghị quyết số 80/NQ-HĐND ngày 13/12/2017 của HĐND tỉnh và Quyết định số 57/QĐ-UBND ngày 08/01/2018 của UBND tỉnh; chuyển nguyên trạng số người làm việc, hợp đồng lao động theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP và hợp đồng lao động khác của các đơn vị được tổ chức lại về Trung tâm quản lý.
Các trường hợp đang là công chức, viên chức lãnh đạo, quản lý các đơn vị được tổ chức lại, sau khi sắp xếp tổ chức thôi giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý hoặc được bổ nhiệm vào chức vụ mới có phụ cấp chức vụ lãnh đạo thấp hơn so với phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ, được bảo lưu phụ cấp chức vụ cũ theo quy định hiện hành.